Za porażkę upraw GMO płacą rolnicy zarówno z krajów rozwijających się, jak i Zachodu. Niższe od przewidywanych plony, rosnące koszty zakupu ziaren i pestycydów, uzależnienie od korporacji agrochemicznych, którym udaje się zmonopolizować rynki nasion oraz zamknięte dla wielu odmian GMO rynki, sprawiają, że ludzie ci często po prostu bankrutują. Ogromną cenę za uprawy GMO płaci też środowisko naturalne. Ekspansja tej technologii wiąże się z zanikaniem pożytecznych roślin i zwierząt, degradacją gleby i systemów wodnych oraz, jak to ma miejsce m.in. w Ameryce Południowej, masową wycinką lasów.

Według raportu IAASTD z 2008 roku przygotowanego na zlecenie ONZ i będącego pierwszą tak kompleksową pracą poświęconą rozwojowi rolnictwa na świecie, GMO nie stanowi również odpowiedzi na problem głodu na świecie, jak często przedstawiają to koncerny agrochemiczne. Dokument ten dowodzi, że bezpieczeństwo żywnościowe teraz, jak i w przyszłości jest w stanie zapewnić zrównoważone rolnictwo, do którego również może przyczynić się nowoczesna nauka z pominięciem metod modyfikacji genetycznych.