Bóbr jest gatunkiem chronionym w wielu krajach. W Polsce  podlega ochronie częściowej, która przewiduje możliwość redukcji liczebności populacji oraz pozyskiwania osobników. Bóbr znajduje się też na liście gatunków podlegających specjalnej ochronie w Unii Europejskiej i jest wymieniony w załączniku do Dyrektywy Siedliskowej.

Ponadto jego status ochrony opisuje  Konwencja Berneńska (Załącznik III – m.in. zgodnie z artykułem 7 pkt 1: Każda z umawiających się stron podejmie właściwe i niezbędne środki ustawodawcze i administracyjne, aby zapewnić ochronę gatunków dzikiej fauny, wymienionych w załączniku III. Pkt 2. Wszelka eksploatacja dzikiej fauny, wymienionej w załączniku III, powinna być regulowana przepisami tak, aby populacja nie była zagrożona, z uwzględnieniem wymogów określonych w art. 2. Pkt 3. Podejmowane przedsięwzięcia powinny obejmować: a) wyznaczenie okresów ochronnych i/lub inne procedury regulujące eksploatację; b) wprowadzenie tymczasowego lub lokalnego zakazu eksploatacji populacji, stosownie do potrzeb, w celu przywrócenia jej zadowalającej liczebności; c) uregulowanie, stosownie do potrzeb, sprzedaży, przetrzymywania w celu sprzedaży, transportu i wystawiania na sprzedaż żywych lub martwych dzikich zwierząt.

Bóbr jest chroniony zgodnie z Dyrektywą Siedliskową (Dyrektywa 92/43/EWG w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory – Załącznik II i IV). w myśl, której:

1. Państwa członkowskie podejmą konieczne działania, aby ustanowić system ścisłej ochrony w ich naturalnym zasięgu, gatunków zwierząt wymienionych w załączniku IV pkt. (a), zakazujący:

a. jakichkolwiek form celowego chwytania lub zabijania okazów tych gatunków żyjących w stanie dzikim,
b. celowego płoszenia tych gatunków, w szczególności podczas okresu rozrodu, wychowu młodych, snu zimowego i migracji,
c. celowego niszczenia lub wybierania jaj ptaków żyjących w stanie dzikim,
d. pogarszania stanu lub niszczenia terenów rozrodu lub odpoczynku.

2. W odniesieniu do tych gatunków państwa członkowskie zakażą przetrzymywania, transportu, sprzedaży lub wymiany oraz oferowania do sprzedaży lub wymiany okazów pozyskanych ze stanu dzikiego, z wyjątkiem okazów pozyskanych legalnie przed wprowadzeniem w życie niniejszej dyrektywy.

3. Zakazy o których mowa w ust. 1 pkt. (a) i (b) i w ust. 2 będą się odnosić do wszystkich stadiów życia tych zwierząt, do których stosuje się niniejszy artykuł.

4. Państwa członkowskie ustanowią system kontroli przypadkowego chwytania lub zabijania gatunków zwierząt wyliczonych w załączniku IV ust. (a). W świetle zebranych informacji państwa członkowskie podejmą dalsze badania lub działania ochronne, które są niezbędne aby zapewnić, że przypadkowe chwytanie i zabijanie nie będzie miało negatywnego wpływu na te gatunki.

Zgodnie z prawem polskim bóbr podlega następującym rygorom ochrony:
Ustawa z 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz.U. z 2004 r. Nr 92, poz. 880). Zgodnie z art. 52. 1. wymienionej ustawy w stosunku do dziko występujących zwierząt objętych ochroną gatunkową (w tym bobra)mogą być wprowadzone następujące zakazy:

1) zabijania, okaleczania, chwytania, transportu, pozyskiwania, przetrzymywania, a także posiadania żywych zwierząt;
2) zbierania, przetrzymywania i posiadania zwierząt martwych, w tym spreparowanych, a także ich części i produktów pochodnych;
3) niszczenia ich jaj, postaci młodocianych i form rozwojowych;
4) niszczenia ich siedlisk i ostoi;
5) niszczenia ich gniazd, mrowisk, nor, legowisk, żeremi, tam, tarlisk, zimowisk i innych schronień;
6) wybierania, posiadania i przechowywania ich jaj;
7) wyrabiania, posiadania i przechowywania wydmuszek;
8) preparowania martwych zwierząt lub ich części, w tym znalezionych;
9) zbywania, nabywania, oferowania do sprzedaży, wymiany i darowizny zwierząt żywych, martwych, przetworzonych i spreparowanych, a także ich części i produktów pochodnych;
10) wwożenia z zagranicy i wywożenia poza granicę państwa zwierząt żywych, martwych, przetworzonych i spreparowanych, a także ich części i produktów pochodnych;
11) umyślnego płoszenia i niepokojenia;
12) fotografowania, filmowania i obserwacji, mogących powodować ich płoszenie lub niepokojenie;
13) przemieszczania z miejsc regularnego przebywania na inne miejsca;
14) przemieszczania urodzonych i hodowanych w niewoli do stanowisk naturalnych.
Gatunek ten ma kategorię NT w Czerwonej Księdze Gatunków Zagrożonych IUCN z 2007: gatunek podwyższonego ryzyka (www.iucnredlist.org).